Чтобы упростить обновление вашего приложения в автоматическом режиме, сначала сделайте так, чтобы ваша программа каким-то образом выявляла новую версию соответствующей программы установки и выполняла её загрузку. Затем, при включенной функции автоматического обновления, самостоятельно запускала загруженный файл установки, используя, например, следующие параметры командной строки:
/SP- /silent /noicons "/dir=expand:{autopf}\My Program"
После запуска программы установки постарайтесь обеспечить как можно более быстрое завершение работы вашего приложения. Обратите внимание, что в случае возникновения проблем с обновлением файлов вашего приложения, программа установки имеет функцию автоматического повторения.
При желании можете использовать флаги skipifsilent и skipifnotsilent, а также сделать так, чтобы ваше приложение получило параметр "/updated", например, для уведомления пользователя об успешном завершении обновления.
Программы установки, сделанные в Inno Setup, поддерживают дополнительный параметр командной строки /PORTABLE=1, который включает портативный режим установки. В этом режиме не создаётся программа удаления и в панели управления "Установка и удаление программ" не добавляется запись о этой установке. Например:
/portable=1 /silent /currentuser