По умолчанию компилятор ожидает, что файлы, указанные в параметрах Source секции [Files], а также файлы, указанные в секции [Setup], будут находиться в том же каталоге, что и файл сценария, если только их имена не содержат полных путей. Чтобы использовать другой каталог с исходными файлами, укажите в секции [Setup] сценария директиву SourceDir.